Ante el hallazgo de la Virgen de Suyapa en 1747 era necesario construir un templo digno para la patrona de Honduras, y esto sucedió cuando se realizó el milagro de sanar al capitán Joseph de Celaya, quien era el mayordomo de la hacienda San José de El Trapiche, que padecía de “mal de piedras”, y le prometió a la virgen que, si lo curaba de esa enfermedad, le construiría La Ermita.
¡Sí! El milagro sucedió, Joseph pudo expulsar las piedras y cumplió la promesa, construir La Ermita, primer hogar de la Virgen de Suyapa, en un terreno donado por Bernardo Fernández, es por ello que, en el año 1777 empezó la edificación del primer templo católico de la morenita, para el año 1780 ya estaba terminado.
En ese mismo año se ofició la primera misa. Sobre cimientos de piedra y piso de tierra se estructuró la capilla, hecha de adobes, su techo cubierto de tejas y era adornada por una bella alfombra de pino, para ese entonces solo tenía una entrada direccionada hacia el ocaso y tres ventanas más un retablo principal donde se colocaba el trono de la virgen.
Años después, en 1856 las autoridades eclesiásticas obtuvieron fondos para levantar cornisas en los laterales, reforzar las viejas paredes de adobe y cambiar la fachada de la ermita, también se construyeron dos capillas laterales. Todos estos cambios se realizaron para darle un toque moderno, además se procedió a enladrillar la entrada hasta el retablo, donde se colocó el camarín de madera que por muchos años fue el sitio de honor de la Virgen de Suyapa.
En 1889 se le realizaron otras modificaciones incluyendo un campanario, que sirviera para llamar a los devotos a los actos litúrgicos en los días de fiesta. Los religiosos utilizaron un poste para sostener los dos horcones que servían para colgar una pequeña campana en una de las partes más altas del templo.
Asimismo, en 1906 la capilla cambió radicalmente, el campanario se destruyó y se habilitaron sus torres laterales, en 1954 pierde su estatus de “santuario” al ser traslada imagen de la Virgen de Suyapa a la nueva y moderna iglesia también del mismo nombre. La Ermita al realizarse esa transición se convirtió en un lugar solamente de oración, sin tener párroco o culto permanente.
Según relatos de los pobladores, cuando trasladaron la imagen de la Virgen de Suyapa a su nuevo hogar, a la mañana del siguiente día la encontraron nuevamente en La Ermita, y la misma escena se repitió en distintas ocasiones. El primer templo por muchos años fue denominado Santuario, pero en septiembre de 2015 por instrucción del Papa Francisco, se le dio el título de Basílica Menor. En actualidad, con las restauraciones que se han hecho tiene capacidad para recibir más de 250 feligreses.