El club deportivo Marathón fue fundado el 25 de noviembre de 1925 y obtuvo su cupo en la Liga Nacional tras coronarse como campeón sampedrano de 1964 con un registro de siete triunfos, tres empates y dos derrotas, 22 goles a favor y 15 en contra y si bien cayó ante Platense en la final del torneo departamental de Cortés, su plaza en la primera división estaba asegurada ya que en el torneo 1965/66 participarían los cuatro primeros puestos del torneo local de Tegucigalpa, los tres mejor clasificados de San Pedro Sula, el campeón de Puerto Cortés y los monarcas de Yoro y Atlántida.
La escuadra verde debutó en la Liga Nacional el 18 de julio de 1965 con una derrota por 3-0 ante Olimpia y tras sufrir otro revés ante el España, obtuvo su primer triunfo en la categoría de élite al vencer 2-0 a Motagua el 1 de agosto.
Tras ocupar el segundo lugar de los torneos 1966, 1967 y 1973, Marathón conquistó su primer título bajo la dirección técnica de Ángel Ramón “Mon” Rodríguez al vencer 0-1 a la Universidad el 16 de diciembre de 1979 en el estadio Nacional con un gol de Roberto Bailey. Para adjudicarse el certamen de 1979, los verdolagas registraron 22 triunfos, cuatro empates y once derrotas, 54 goles a favor y 34 en contra y tuvieron como máximos anotadores de esa competición al ya mencionado Robot Bailey con trece goles, quien fue seguido por Jorge “Cuca” Bueso (10) y Juan Carlos Weber (7).
Tras 51 años de participaciones ininterrumpidas en la primera división catracha, Marathón acumula 634 victorias, 573 empates y 501 derrotas, 2171 goles a favor y 1859 en contra y estas son sus principales marcas históricas:
Máximo de Victorias: 11 (Clausura 2007 y Apertura 2008)
Mínimo de Victorias: 2 (Clausura 2006)
Máximo de Derrotas: 11 (1965/66 y Clausura 2006)
Mínimo de Derrotas: 2 (Apertura 2008)
Máximo de Goles Anotados: 42 (1966/67 y Clausura 2009)
Mínimo de Goles Anotados: 16 (1998/99, Apertura 1999/2000 y Clausura 2006)
Máximo de Goles Recibidos: 35 (1965/66)
Mínimo de Goles Recibidos: 16 (1998/99, A 2002, A 2003, C 2007, A 2007 y A 2009)
Mayor Goleada a Favor: Marathón 7 Campamento 0 (1976)
Mayor Goleada en Contra: Marathón 2 Olimpia 7 (1991/92)
Mejor Ubicación: Campeón Nacional: 8 veces (1979, 1985, C 2002, C 2003, A 2004, A 2007, A 2008, A 2009)
Peor Ubicación: Décimo lugar (Apertura 2013)
