El club Honduras tuvo el honor de ser uno de los diez conjuntos fundadores de la Liga Nacional y aseguró su puesto en el certamen 1965/66 al coronarse como campeón departamental de Yoro tras imponerse a los equipos Lenca, Cuba e Ideal.
La escuadra progreseña debutó en las competiciones de la primera división catracha el 18 de julio de 1965 con una victoria por 3-0 sobre el Atlético Español gracias a dos goles anotados por Pedro Deras y Pablo Perdomo y pudo mantenerse en la máxima categoría hasta consumar su descenso al final de la temporada 1969/70 y debió esperar 44 años hasta su retorno de cara al torneo Apertura 2014, certamen en el cual consiguió clasificarse a la etapa del repechaje en la cual cayó frente a la Real Sociedad pero su gran conquista llegó en el campeonato Apertura 2015 cuando sorpresivamente se impuso ante el Motagua en una definición mediante lanzamientos penales y se consagró como monarca nacional.
A lo largo de sus nueve torneos disputados en la Liga Nacional, el club Honduras acumula 61 victorias, 48 empates y 77 derrotas, 251 goles a favor y 301en contra en 186 partidos, registros que lo llevan a ubicarse en el lugar número 14 de la tabla histórica de los certámenes catrachos de la primera división.
A lo largo de esos 186 encuentros, estos son los principales récords particulares que registra el club Honduras en la Liga Nacional:
Máximo de Victorias: 11 (Apertura 2015)
Mínimo de Victorias: 3 (Clausura 2016)
Máximo de Derrotas: 10 (Clausura 2015)
Mínimo de Derrotas: 4 (Apertura 2014 y Apertura 2015)
Máximo de Goles Anotados: 34 (Apertura 2014)
Mínimo de Goles Anotados: 21 (Clausura 2016)
Máximo de Goles Recibidos: 35 (Clausura 2015)
Mínimo de Goles Recibidos: 21 (Apertura 2015)
Mayor Goleada a Favor: San Pedro 2 Honduras 6 (1967)
Mayor Goleada en Contra: Olimpia 7 Honduras 0 (1968/69)
Mejor Ubicación: Campeón (Apertura 2015)
Peor Ubicación: Décimo Lugar (1969/70)
*Con excepción de los registros para sus mejores y peores ubicaciones, así como de sus mayores goleadas propinadas y recibidas, los datos anteriores son válidos para torneos de Liga Nacional disputados por diez equipos a dos vueltas.
